本发明公开了一种抑制底泥内源氮磷释放的方法，属于底泥处理技术领域。该方法包括以下步骤：向待处理的底泥中投放氧纳米气泡改性矿物颗粒作为改良基质，向上覆水中提供微、纳米级别的含氧气泡；然后在改良基质投放后一周添加微生物制剂，对底泥中氮磷进行降解转化，抑制内源氮磷的释放；最后在改良基质上种植沉水植物狐尾藻，将内源氮磷吸收转化，减少内源氮磷的累积。本申请通过采用微生物制剂、氧纳米气泡改性矿物颗粒与种植的沉水植物狐尾藻相结合的治理方法，氧纳米气泡改性矿物颗粒为微生物与狐尾藻生长提供载体与场所，微生物制剂提供的聚磷菌与硝化‑反硝化菌进一步抑制了氮磷的释放，同时狐尾藻可以减轻水体扰动对氧纳米气泡的干扰。