本发明提供梯级水库消落期运行水位协同调度方法及装置，方法包括：步骤一，将水库消落期划分为枯水期、过渡期和汛前消落期；步骤二，构建适应消落期流量季节性特征的水库多级供水目标函数，以水库出库流量为决策变量，仿生进化算法为求解算法，推求梯级水库消落期运行水位协同调度方案集；步骤三，对各梯级水库分别采用水动力学方法分别模拟水库分期消落水位调度的上游回水区泥沙冲淤变化、下游水污染扩散和下游洪水演进过程；步骤四，以最大化发电量、河道外供水量、泥沙减淤量、污染推移距离、水位上涨幅度、水位日上涨率和最小化防洪风险、污染影响时间、污染团浓度为评价指标，以组合距离评估法为决策方法，优选水库调度方案。