本发明公开了水稻抗逆调控优选策略的确定方法，对水稻幼苗中施行不同的氮源施用方案；构建水稻组织中不同氮源培育水稻抗逆调控的矩阵I，对矩阵I进行处理，得到矩阵II～矩阵V；分别对比矩阵I中数值的大小，得到组合施用无机氮和有机氮对游离Pro的贡献大小；对比矩阵II、矩阵III与矩阵V中数值大小，得到对比单独施用无机氮或有机氮对游离Pro的贡献大小；根据上述方法得到以游离Pro为生物标志物筛选不同氮源培育水稻调控铬胁迫的策略模型，确定水稻不同生长阶段的抗逆调控优选策略。本发明水稻抗逆调控优选策略的确定方法通过策略模型的构建，简化植物学繁多的试验过程，为水稻抗逆调控领域提供科学有效的策略确定方法。