本发明公开了一种多站融合系统低碳运行方法，克服了现有技术中多站融合系统低碳运行方法未充分考虑多站融合系统的运行特点和运营主体定位的问题，包括以下步骤：S1：对多站融合系统各个组成元素进行分类；S2：设定多站融合低碳运行目标；S3：采集汇总多站融合系统的运行数据和其他相关数据，滚动积累历史数据库；S4：设定多站融合系统低碳运行约束条件函数，并利用相关数据将约束条件数据化，形成约束域；S5：根据对历史数据库进行挖掘分析，得到对应的负荷预测曲线和新能源发电量预测曲线；S6：构建多站融合系统低碳运行策略模型；S7：对模型进行优化求解，得到优化的低碳运行日间策略。能从全局角度进行多站融合系统的低碳运行策略的制定。