本申请公开了一种风洞运行系统以及基于风洞运行系统的风洞运行方法，涉及气体动力领域，可以通过总控子系统对高超声速低密度风洞运行时需要的氮气、压力、温度等参数进行控制，实现对高超声速低密度风洞进行自动化测控。所述风洞运行系统包括：安全控制子系统向总控子系统发送试验启动信号；总控子系统向风洞其它子系统发送试验信号；压力调节控制子系统开启总阀；加热器控制子系统调节石墨电阻加热棒的加热功率；流场显示子系统对低密度流场进行显示和摄像记录；氮气控制子系统持续制备氮气；真空控制子系统持续抽真空；攻角控制子系统遍历目标攻角序列，向数据采集子系统发送数据采集信号；数据采集子系统对天平数据进行采集。