本发明公开一种多联机节能运行控制方法和控制系统，所述控制方法包括步骤：根据室外机规格，将室外机包括至少一台基础模块，并确定基础模块的运行模式；计算各运行模式的高效运行负荷区间；根据建筑整体的室内机的总负荷率，判断、选择运行模式；控制器将指令发送至室外机，使得室外机按照选择的运行模式运行；其能够充分保持多联机空调系统的特性，充分发挥多联机基础模块在部分负荷下性能系数更高的优势，使得多联机室外机的运行模式与建筑物的负荷相匹配，使得多联机空调系统在全年大多数时间内都运行在高效区，提升多联机空调系统在整个空调季的运行性能，降低空调运行能耗，更加节能。