本发明涉及一种复杂环境下微扰动竖向压入式薄壁沉井施工工法，首先，沿薄壁沉井外侧打设的一圈咬合桩，通过圈梁将咬合桩顶部连成整体提供下压反力，设置地锚反力装置，然后，通过穿心千斤顶提供向下的拉力，千斤顶施加压力于井壁沉井牛腿上，对沉井产生下压力，最后，在取土的同时，将薄壁沉井压入土体。该施工工法，采用咬合桩提供下压力，并兼作隔离围护体和沉井封底抗拔桩；同时人为对沉井施加合理可控的垂直下压力，使沉井具有适宜的下沉系数，并辅以其他减阻手段，使下压力能够主导沉井的下沉，在预留土塞的工况下可控下沉，可大大消除土层对沉井产生的不利影响，降低施工风险，提高工效，通过减少土体扰动最大限度地降低对周边环境的影响。