本发明涉及一种高压共轨燃油系统喷油器喷油量偏差补偿方法，属于发动机技术领域，本发明主要包括：（1）通过选取预喷点、外特性点、怠速点和排放点四个特征点，对着四个特征点进行流量测试，得出测试数据与理论数据的偏差；（2）将实际喷油量与理论喷油量差值以特定规则转化为ECU能识别的代码的形式并记录至喷油器；（3）利用ECU对代码识别转化四个特征点喷油量偏差值；（4）根据当前轨压和当前喷油量计算出油量修正功能修正油量；（5）通过当前轨压与油量修正功能修正油量和油量需求值计算出喷油器加电时间；进而有效平衡喷油器的喷油量，本发明不仅可以适当的放宽喷油器制造公差，降低生产成本，同时又可以使每缸喷油量趋于平衡，达到对喷油量的精确控制，以满足日益严格的排放法规。