本发明公开一种基于液态金属介质的流量计标定系统及方法，基于液态金属介质的流量计标定系统包括金属标定罐以及储料罐，储料罐的输出口和金属标定罐的输入口之间依次设置有机械泵、过滤器、电加热器、待标定流量计以及第一调节阀，金属标定罐的输出口和储料罐额输入口之间相连通以使金属标定罐和储料罐之间形成闭路循环回路。本发明提供的基于液态金属介质的流量计标定系统通过压力控制系统稳定标定罐、储料罐内压力值，保证金属标定罐与储料罐内存在恒定的压力差，使标定罐内介质能排入储料罐，可形成闭路循环；然后，通过控制器控制阀门开关，并检测一定时间段内液位变化，即可测算出待测流量计的流量值，以此实现标定校准流量计的功能。