本发明公开了一种基于多模态融合的儿童肠套叠诊断智能分析系统，包括儿童肠套叠关系抽取模型、文本特征提取模型、超声影像质控模型、结构化数据特征提取模型和特征融合模型；儿童肠套叠关系抽取模型用于构建儿童肠套叠知识图谱；文本特征提取模型用于提取原始诊断病历、超声诊断报告中的文本特征；超声影像质控模型用于提取儿童肠套叠超声影像中的图像特征；结构化数据特征提取模型用于提取儿童肠套叠实验室数据中的结构化数据特征；特征融合模型用于融合文本特征、图像特征和结构化数据特征，输出高维特征后，使用归一化函数将儿童肠套叠的预测输出映射为概率分布。本发明可以实现儿童肠套叠疾病的快速诊断，缩短诊断时间、降低假阳性率。