本发明公开了一种海洋调查仪器的水面自动追踪装置，包括信号旗、红外感应闪光灯、AIS船舶示位器、浮体、主干和重心稳定块；主干为整个装置提供支撑，信号旗安装在主干的顶部，红外感应闪光灯和AIS船舶示位器安装在信号旗下方的主干上，浮体安装在主干中下部，重心稳定块安装在主干的底部。本发明通过信号旗和浮体模拟海洋调查仪器在海面同时受到的风和流的作用力，因而能跟踪海洋调查仪器的漂流轨迹，自动追踪海洋调查仪器，同时充分利用船舶已有的雷达装置定位本装置，信号旗(白天)和闪光灯(夜间)相结合，易于后期寻找，结构简单，易于组装，便于海上现场制作。