本发明涉及一种明胶类酶活保护剂的制备方法及其在降纤酶制剂中的应用，所述制备方法包括如下步骤：对明胶溶液进行物理剪切，然后过滤、灭菌、冻干，得到所述明胶类酶活保护剂。本发明提供的明胶类酶活保护剂不仅能够对降纤酶的酶活力提供有效的包裹性保护，在生产和长期储存过程中，提供紧密的保护骨架，阻止降纤酶分子之间的聚合；同时不具有酶活放大效应，能够实现对于中间体的有效监控；并且可以使冻干过程的吹干效应可以大大减少，进一步地保护了酶活的稳定性。