本发明公开了基于卷帘快门获取的显微镜图像智能拼接方法、装置、介质及设备。其方法公开了基于电子卷帘快门的显微镜图像智能拼接方法，包括：基于电子卷帘快门的相机特性，提出在显微镜载物台移动过程中的自动拼接流程；对图像运动模糊的实时检测方法；计算和动态显示拼接过程的各种状态，协调载物台移动速度做有效图像拼接；双投影自动拼接算法。本发明通过针对电子卷帘快门相机在载物台移动过程中的图像进行智能判别和自动拼接，使用简单，操作方便，有效扩展了电子卷帘快门相机的应用范围，使得一台常规显微镜加上一台大众化数码相机也能完成一台数字切片扫描仪扫描数字切片的功能。