本发明公开了一种时钟动态对齐方法以及相位对齐器，所述方法包括：根据原始时钟生成若干离散相位的派生时钟；对输出时钟进行迭代调整，直至输出时钟的上升沿在原始时钟的上升沿和第一派生时钟的上升沿之间；第一派生时钟为与原始时钟相位偏差值最小的派生时钟；在每次迭代调整时，将输出时钟的上升沿与原始时钟以及第一派生时钟进行比对，根据比对结果更新计数值，并根据更新后的计数值从各派生时钟中选定一派生时钟作为选定派生时钟，将选定派生时钟输入至可编程逻辑块阵列，继而从可编程逻辑块阵列末端获取调整后的输出时钟。通过实施本发明能够根据FPGA的温度或电压变化进行动态补偿，提高输出时钟与原始时钟的相位对齐效果。