本发明提供了一种羟基改性蛋白质芯片的制备方法，本发明属于蛋白质芯片的制备技术领域，本发明提供的蛋白质芯片以玻璃载玻片为主要原料，利用预先配制的刻蚀液在载玻片上进行周期阵列刻蚀；以环硅氧烷和环氧化物为聚合原料，利用辐射聚合的方式使得聚合原料与载玻片之间形成了共价连接，得到蛋白质芯片基质；利用蛋白质芯片基质在生理条件下对蛋白质进行吸附，蛋白质芯片基质具有两种不同的区域，经刻蚀并辐射聚合后的区域不仅为蛋白质提供良好的水相环境，还能与蛋白质表面的基团发生氢键等弱相互作用，而未处理区域则表现为疏水，因此反差巨大，使得制备的蛋白质芯片的信噪比高，灵敏度也很高。