本发明提供一种含磷阻燃剂废水的高级氧化处理方法及设备，包括第一级含磷废水处理和第二级含磷废水处理，每一级均包括依次连接的第一循环批处理罐、一号泵、第一高级氧化处理单元和第一热交换器，并设置共用的太阳能供电系统和尾气净化系统。本发明采用太阳能为高级氧化工艺供电，通过泵将第一批次的污水从第一高级氧化除磷处理系统输送到第一高级氧化除磷处理系统，分别设置适宜的电流密度，并且在第一高级氧化除磷处理系统中加入第一高级氧化除磷处理系统的污水，恢复有机磷的浓度，提高电流的利用率，降低处理成本，使含有机磷废水的掺硼金刚石膜处理工艺成为可能。