本发明公开了一种FPGA信号调制解调动态重构方法、装置、系统及存储介质，该方法将动态配置区划分为至少一个调制解调功能区域；在调制解调功能区域满足对应调制解调功能的逻辑资源需求时，生成固定配置文件和动态配置文件；获取每个配置文件的地址信息；在接收到信号调制解调指令时，自动加载固定配置文件，并根据信号调制解调指令加载对应地址信息的动态配置文件。本发明通过将FPGA芯片分为固定配置区和动态配置区，并将存储基本功能的固定配置文件和不同调制解调功能的动态配置文件进行存储，在调制解调时选择动态配置文件，以使FPGA芯片根据固定配置文件和动态配置文件执行对应调制解调动作，提高了FPGA在面对多调制方式切换的灵活性。