本发明公开了一种评估核酸探针捕获特异性的方法及装置。其中，该方法包括以下步骤：S1，针对待评估探针参考其设计过程中使用的参考序列设计2条辅助探针；S2，将S1中所得的2条辅助探针与待评估探针一起使用第一比对软件与参考序列进行比对，得到每一条探针的第一打分结果，根据第一打分结果区分不可用探针及可用探针；S3，使用第二比对软件将S2中的可用探针与参考序列比对，得到每一条探针的第二打分结果，根据第二打分结果将可用探针进一步化分为安全探针和风险探针，其中，第一比对软件不同于第二比对软件。应用本发明的技术方案，使探针可依据其捕获特异性进行分组，明确了探针设计中不可用探针、风险探针和安全探针的分类标准。