本发明提供了一种基于短临降水预测的城市内涝预警方法及系统，其中方法步骤包括：S1数据处理装置搜集城市历史易积水点经纬度坐标，并根据预测领域范围划分出积水点网格；S2数据处理装置根据短临降水预测规则，计算积水点网格在预测时间段内的降水总强度数据；S3数据处理装置搜集积水点网格内的排水设施的总排水速度数据；S4数据处理装置根据所述降水总强度数据及总排水速度数据，计算获取积水点网格在预测时间段内的积水起始时间点、积水排除起始时间点、及积水排除完成时间点中的至少一个时间点以供预警。