本发明提供一种动态测量水体温室气体排放通量的装置及方法，涉及环境保护领域。该装置包括箱体、浮台、进气管、出气管、进气泵、进气管采样气泵、出气管采样气泵。本发明有效避免了箱体内由于水体强释放引起温室气体过度积累而导致排放通量测定失真；可以捕获任意时刻气泡和水气界面释放的温室气体，从而可解决静态浮箱技术无法同步实现水体气泡温室气体释放和水‑气界面温室气体交换通量测量的技术问题；可精细反映水体温室气体排放的时间变异性，并且可实现水体温室气体排放通量的长时间不间断测量，从而有效避免静态浮箱技术低频次测量水体温室气体排放通量所导致测定结果的不确定性，同时能极大节省人力和仪器测试资源。