本发明公开了一种远海岛礁砗磲原位标记的方法。A、采用不锈钢制作成标记牌；B、在指定海域，划定保护区，并系好浮球，进行标记，打好标杆锚定调查区域，做好标记GPS定位，记录起始位置，对保护区划分样带，对样带进行测量，每测完一个样带，就对该样带进行标记，标记完后，进行下一样带的测量，在测量过程中，采用潜水相机对样带进行水下录像、拍照、每条样带记录视屏；C、将砗磲进行标记，将标记牌钉在砗磲附近；D、记录砗磲编号以及测量相应的参数。本发明可以对野生的砗磲进行标记，跟踪砗磲的位置、生长、分布等相关信息。为我国南沙、西沙群岛相关岛屿上进行砗磲生态的恢复提供技术支持，也可以为砗磲养殖产业的发展，提供技术指导。