本发明公开了一种水葫芦的发酵方法，包括：将水葫芦、辅料送入进料仓，同时向水葫芦上喷洒复合菌剂；将混有复合菌剂的水葫芦和辅料送入打包设备；通过打包设备将水葫芦和辅料进行高压打包，并用可降解薄膜即时密封捆包，得到密封包；在密封包底部钻多个孔，并转运、堆存在发酵场地；密封包间隔架设在发酵场的通风沟上；在发酵场地上覆膜后进行好氧发酵；发酵后的水葫芦破碎、烘干后得到肥料。该方法工艺简单、节省了混料成本，加入的复合菌剂能对压缩水葫芦后的尾水和发酵产生的渗滤液进行处理，将水体中的有机物分解为无毒无害的二氧化碳和水，实现环保、肥料综合开发的良性循环。