本发明公开了一种兼防根结线虫病和根肿病的微生物菌剂及其制备方法，涉及肥料技术领域，解决了现有技术中根结线虫病和根肿病的田间病状相似难以快速区别并准确选择药剂以及根结线虫病和根肿病易同时发生且难以及时防控的技术问题。本发明兼防根结线虫病和根肿病的微生物菌剂的制备方法，包括如下步骤：制备甲基营养型芽孢杆菌菌粉和枯草芽孢杆菌菌粉；制备淡紫拟青霉菌粉；将制备的甲基营养型芽孢杆菌菌粉、淡紫拟青霉菌粉和枯草芽孢杆菌菌粉按比例复配，混匀后得到兼防根结线虫病和根肿病的微生物菌剂。本发明制得的兼防根结线虫病和根肿病的微生物菌剂，可进行两种病害的统防统控，避免农业生产中因药剂选择错误而延误前期防控的黄金时期。