本发明提供一种光子损失下的玻色采样模拟方法及系统，涉及光量子计算技术领域，该方法包括：等效光学网络构造步骤：构造光子损失下的等效光学网络对应的幺正矩阵；玻色采样仿真结果获取步骤：根据幺正矩阵，得到任意数量且符合玻色采样概率分布的光子输出组合，并通过检验方法对符合玻色采样概率分布的采样结果进行检验和区分。本发明能够成功仿真光学网络中引入光子损失的玻色采样过程以获取可靠的采样结果，且仿真结果不受光子损失概率的影响，具有较强的稳定性，更加方便研究人员学习玻色采样经典仿真的全过程，易于考虑误差的玻色采样研究。