本发明公开了一种多路数据采集存储系统，数据采集模块用于采集第一数据，并将第一数据传输到所述第一处理模块中，第一数据为n路不同时钟域通道传输的数据；第一处理模块用于对所述第一数据依次进行滤波、仲裁传输处理，并将处理后获得的第二数据传输到所述第二处理模块；第二处理模块用于对第二数据依次进行算法拼接、乒乓操作处理，并将处理后获得的第三数据按各路通道进行存储；终端用于分别读取所述第一处理模块以及第二处理模块中的传输数据，并对传输数据进行分析后，分别向第一处理模块以及第二处理模块发送参数配置指令；本发明的有益效果为实现通过终端配置相关的参数指令，对不同起始地址的数据进行读写操作。