本发明公开了一种准确计算大气边界层高度的方法，首先通过三次样条差值法，把探空资料的原始数据转换成垂直分辨率为10m的m行×12列的数据，从转化后的数据文件中读取温度值、海拔高度值和气压值；然后计算绝对温度和位温值；再计算两层位温差，计算时设定从距地面600m以上开始，最早出现该层位温与100m以下层的位温差超过0.3℃，同时设定该层以上100m处位温与该层位温差超过0.3℃，表明该层所在高度为大气稳定出现逆温层的高度，则将该层底部以下范围确定为边界层高度。本发明充分考虑了小、微尺度天气系统对边界层高度的影响以及探空观测中可能出现的气球升速变化导致的观测数据系统性误差，判据科学，计算结果准确可靠。