本发明公开了一种抵抗旁路攻击的加密方法，包括以下步骤：通过第一运算引擎和第一秘钥对待加密明文进行一次加密，生成中间加密密文；通过第二运算引擎和第二秘钥对所述中间加密密文进行二次加密，生成所述待加密明文对应的加密密文；其中：在所述一次加密的持续过程中，基于所述待加密明文和预设随机数列，通过模拟运算引擎进行模拟加密运算；在所述二次加密的持续过程中，基于所述预设随机数列和所述中间加密密文，通过所述模拟运算引擎进行所述模拟加密运算。本发明通过设置模拟运算引擎与加密运算引擎同时工作，掩藏运算引擎的真实功耗，使得进行加密运算的实际功耗不被直接获取和分析，从而达到有效抵抗旁路攻击的目的。