本发明属于文物保护以及环境科学与工程应用领域，公开了一种利用产碱菌预防砂岩石质上苔藓生物风化的方法，包括以下步骤：筛选红砂岩石质文物自源性产碱细菌，提取胞外酶制剂，均匀喷洒于未生长苔藓的石质文物岩面，用以调控苔藓中生长的产酸风化细菌，从微环境实现预防苔藓生物风化的效果。其中产碱菌株木糖氧化无色杆菌中含有天冬氨酸脱羧酶和精氨酸脱羧酶等多种脱羧酶基因，可以合成生物酶利用氨基酸产生生物胺，生物胺能和苔藓根部的有机酸发生脱水缩合反应，生成近中性的酰胺和水，进而中和砂岩表面的酸性风化环境。本发明采用绿色生物的方法，对文物和环境友好，可实现砂石文物上苔藓生物风化的预防。