本发明公开了一种锥形束CT图像重建方法，包括以下步骤：S10、测定在预设的射线剂量下，不同厚度的水的投影图像，根据投影图像得到像素值与水厚度值的关系对照表；S20、在与步骤S10相同的射线剂量下，旋转采集被测物体在不同角度下的投影图像；S30、根据步骤S20中得到的投影图像的像素值，在步骤S10中得到的对照表中，找出对应的水厚度值，形成等效投影水厚度图像；S40、对步骤S30中形成的等效投影水厚度图像进行重建，得到被测物体的各体素等效水厚度的三维矩阵；S50、根据材料系数与水厚度值的数值关系，得到材料系数的三维矩阵；S60、根据步骤S50得到的材料系数的三维矩阵，计算被测物体的各体素的CT值，得到最终的锥形束CT图像。