本发明公开了一种针对锥形CT的图像重建及系统误差校正的方法。该方法的步骤为，先对样本进行CT扫描获得原始数据并同时进行亮/暗电流校正，根据校正后数据利用CUDA与多线程CPU的协同运算快速获得重建的CT原始图像，并通过分段重建流式传输在降低对内存与显存要求的同时降低总时间，根据特定位置的断层图像的二位灰度熵来计算成像系统的射线源光轴偏移值、探测器中心偏离值、物体距离以及探测器距离，在反投影重建时校正上述参数并获得最终CT重建图像。相比现有技术，本发明在提升速度、提升质量的同时，还降低了对运算空间的要求以及CT成像系统各个部件精度的要求，同时在不使用标定物的情况下完成空间参数的计算。