本发明提供了一种基于GSWD数据集和实测水位数据的湖泊湖底地形图绘制方法，包括以下步骤：获取待绘制的湖泊水位最高时的淹没面积范围作为该湖泊的边界；通过全球地表水数据集获取该湖泊的边界内每个像素点的水体出现频率；获取该湖泊的历史实测水位数据对应的所有水位值，计算每个水位值出现的经验频率并生成经验点据；基于P‑III型频率曲线绘制理论频率曲线，将调整后的理论频率曲线作为频率曲线；根据频率曲线推求各湖泊水位频率对应的水位值；根据每个像素点的水体出现频率的数值，推求该数值的水位频率对应的水位值作为每个像素点的高程值，由此绘制得到湖泊湖底水下地形图。本发明避免了传统监测手段的局限性，能快速地获取湖泊水下地形数据。