本发明提供一种基于微流控芯片的营养液回液消毒在线监测系统和方法，监测系统包括储液装置、三级过滤器、微生物荧光监测池和UVC紫外消毒器，储液装置包括收集池、储存池、后处理池和调配池；微生物荧光监测池中设有微流控玻璃芯片，微流控玻璃芯片上设有连通的标记池和检验池，标记池分别与荧光分子探针端口、纯水端口和取样端口连通；微流控玻璃芯片上部设有光敏板，光敏板与光电处理器连接；微流控玻璃芯片下方设有光通道，光通道上端口与光敏板相对，光通道入口处设有激发滤色镜，光通道内部设有反射镜，激发滤色镜处设有激光光源。本发明可以有效实现消毒前后回液系统中的微生物浓度可视化监控，节约能源，为营养液的二次配肥做准备。