本发明提供了一种基于系统网络拓扑结构的风险评估方法，包括如下步骤：步骤S1：进行资产探测，解析返回的数据包，发现网络资产，搜集资产基础信息，构建网络资产信息库；步骤S2：添加资产的漏洞信息、应用信息和功能信息；步骤S3：根据资产的漏洞信息、应用信息和功能信息对单个资产进行综合风险指数计算；步骤S4：将系统内资产和连接关系绘制成网络拓扑结构图，进行拓扑图内关联性风险分析；步骤S5：以拓扑图为基础，根据资产的综合风险指数，进行网络攻击路径风险评估。本发明提供的基于系统网络拓扑结构的风险评估方法可以实现针对工控系统的不影响系统稳定性的综合风险评估，并实现拓扑结构内的关联性风险分析和网络攻击路径风险评估。