本发明公开的是一种含有免疫增强剂的鸡新城疫与H9亚型禽流感二联灭活疫苗及制备方法和应用，免疫增强剂含有1‑1000μg/ml的聚肌胞和1‑1000μg/ml的β‑环糊精，将该免疫增强剂与灭活抗原、吐温混合制备成水相溶液；将白油、司班和硬脂酸铝混合得到油相溶液；将油相溶液与水相溶液混合得到灭活疫苗，本发明包含的免疫增强剂与疫苗中的其他组分之间具有正向导向性，具有增加疫苗成分的溶解度、溶出度和稳定性、控制疫苗的释放速率、提高疫苗的生物利用度、降低毒副作用以及可以启动机体自身含有的免疫应答程序等优势，进而提高免疫后机体的抗体水平，增强免疫效果，在进行免疫后显著增强了鸡抗体应答水平，具有产生高抗体的能力，免疫效果好，免疫保护作用力持续长久。