本发明公开了一种湖泊远程管控方法和管控系统，所述系统和方法在目标湖泊水面上选取n个坐标点，第一存储单元存有任意两点间的轨迹密度；迭代计算单元采用蚁群寻迹的方法计算任意两个坐标点间的移动概率；第二存储单元储存所述移动概率；轨迹规划单元根据所述移动概率规划当前无人机最优路线；无人机按当前最优路线遍历完n个坐标点完成监测，并在每一坐标点上提取水域数据；校验计算单元计算任意两点间的水域偏离比；反馈单元根据任意两点间的水域偏离比和电量消耗调整移动概率，并将所述移动概率保存至第二存储单元，再由轨迹规划单元重新规划当前最优路线，该系统和方法优化了无人机监测湖泊的路线，提高了远程管控湖泊的效率。