本发明公开一种过滤去除藻类的富营养化水体净化装置与方法，装置包括空腔主体，所述空腔主体内设有可膨胀和收缩的气囊，所述气囊通过充气管道与充气泵连接，充气管道上设有放气阀，所述空腔主体一端设有清水储存腔，清水储存腔开放的一端设有与其滑动连接的第一活塞，所述第一活塞与气囊之间设有过滤装置，所述空腔主体一侧设有藻液储存腔，藻液储存腔开放的一端设有与其滑动连接的第二活塞；本发明能够集藻液的过滤、反冲洗、储存功能于一体，提高了整个装置的净化处理效率。