本发明公开了一种差量热更新应用程序的实现方法及系统，该方法包括：服务端读取目标程序的第一动态链接编译文件和第二动态链接编译文件，第一动态链接编译文件包括目标程序的旧版本的动态链接编译文件，第二动态链接编译文件包括目标程序的新版本的动态链接编译文件；服务端根据第一动态链接编译文件以及第二动态链接编译文件生成目标程序的差量更新文件；其中，差量更新文件用于提供给需要更新目标程序的任一客户端，以使客户端执行目标程序的更新操作。可见，实施本发明能够使客户端在更新过程中只需下载新旧版本应用程序的差异部分文件，减小了需要下载的文件的体积，降低了用户的手机流量或服务器带宽的消耗，并提高了应用程序的更新效率。