本发明属于数据安全技术领域，公开了一种基于透明加密的数据安全管理系统、计算机设备及终端，包括数据收集模块、数据分类存储模块、数据加密模块、身份认证模块、USB存储设备检测模块、证书发布模块、证书验证模块和中央处理与控制模块。本发明通过采用透明加密方式进行数据加密，用户通过服务器平台下发透明加密策略后，客户端根据策略实时监控应用程序对指定类型文件的读写操作，实现文档的实时加密，在受控范围内透明使用，脱离受控环境无法使用，从而有效解决用户核心数据文档在生产过程中面临的数据泄密风险，可以用于解决用户核心数据文档在生产过程中，避免明文存储面临的众多泄密风险，如离职人员拷贝、移动存储设备丢失、网络传输拦截等情况。