本发明涉及一种多采样率系统中的输入信号成形控制方法，将在现有多采样率稳定跟踪系统硬件架构的基础上，通过输入信号成形控制方法，在内环采样的有限拍内，将外环输入的阶跃信号转换成频带有限的输入信号，消除外环采样率低带来的高频量化信息，保留低频段的有效信号。通过借助内环采样率高的优势，安排过渡过程，让输入信号按照期望的形式变化，降低对内回路的激励，实现控制系统快速性与稳定性指标的良好折中，以此增强光电稳定跟踪系统的扰动抑制能力，提高系统的动态特性，具有广泛的应用前景。