本发明公开了一种明挖隧道上跨既有涵洞结构及其施工方法，明挖隧道上跨既有涵洞结构包括：既有涵洞；隧道结构，斜交设置在既有涵洞的上方；若干桩基，承载隧道结构；防护结构，包括放坡模块和支护模块，放坡模块和支护模块相配合限定出隧道结构的范围，放坡模块分别设置在隧道结构与既有涵洞的两个相交处，支护模块相邻于各放坡模块设置在范围内的其余位置。通过局部采用放坡模块，并与支护模块配合围成基坑型式，减小了基坑规模，具有良好的控制地表变形能力，通过由桩基承受隧道结构的竖向荷载，使既有涵洞和新建隧道各自为独立的受力体系，避免了两者的相互影响，保证既有涵洞与新建隧道在完成后长期使用期的安全。