本申请公开了一种系统控制软件的运行方法、系统、计算机设备及存储介质。系统控制软件的运行方法包括：启动引导程序，以设置对应的固件搬运地址；根据固件搬运地址，将逻辑控制程序固件和配置数据固件加载到预设的内存地址中，逻辑控制程序固件预先由逻辑控制程序编译得到，配置数据固件预先由配置数据编译得到；在逻辑控制程序固件和配置数据固件加载完成后，根据逻辑控制程序固件的访问地址，运行逻辑控制程序；在逻辑控制程序运行后，基于配置数据固件的访问地址访问配置数据。本发明的实施例可有效提升系统的普适性和保密性，还可以优化配置与研发的版本管理，提高了数据的条理性和可维护性。