本发明公开了一种复合改性水性聚氨酯粘合剂及其制备方法。所述的水性聚氨酯粘合剂不含溶剂，由环氧树脂和含磷络合物复合改性生成；所述的环氧树脂通过使用有机硅向环氧树脂分子中引入硅，以提高粘合剂的热稳定性能；所述的含磷改性方法是通过使用磷酸盐与多糖以配位键结合生成络合物，从而向水性聚氨酯大分子中引入阻燃磷。本发明的水性粘合剂具有环保、生物可降解、耐高温、合成方法简便、不需高温高压环境、适合大规模生产等优点。在服装、电子产品等需要环保型粘合剂的领域具有广泛的应用前景。