本发明提供了一种从含柠檬酸的发酵液中提取柠檬酸的方法。所述方法包括如下步骤：将含柠檬酸的发酵液经固液分离，得到含柠檬酸的清液；然后通过脱色剂、阳离子交换树脂和阴离子交换树脂进行处理，得到含柠檬酸的脱色离交溶液；然后用萃取剂进行萃取，得到含柠檬酸的萃取负载相和萃余相；将得到的含柠檬酸的萃取负载相用洗涤剂进行洗涤，然后软水反萃，得到含柠檬酸的反萃液，经提取得到柠檬酸。本发明提供的方法能够有效解决含柠檬酸的发酵液萃取过程中易发生乳化及萃取剂污染的问题，提高了柠檬酸产品的收率与质量。