本发明属于卫星通信技术领域，公开了一种面向低轨卫星通信系统的跳波束通信方法及卫星载荷设备，面向低轨卫星通信系统的跳波束通信方法包括：跳波束载荷根据是否可见信关站分为透明跳波束载荷和处理跳波束载荷，并进行跳波束的处理；根据用户特征选择集群覆盖与单用户独立覆盖相结合的跳波束通信模式；星上周期性播发时间信息，地面高可靠接收星上时间信息并进行偏差分析及补充，进行基于地面同步星上的馈电链路跳波束同步通信。本发明将透明跳波束与处理跳波束技术相结合优化跳波束载荷的处理复杂度，提高了系统的使用灵活性；简化了低轨网络的复杂度以及星上处理载荷的复杂度及资源开销。