本发明涉及卫星通信领域，涉及一种多波束低轨卫星通信系统的安全预编码方法；所述方法包括获取卫星向地面合法用户传输信息的速率以及窃听用户的窃听速率，计算出系统保密速率；构建出以最大化系统保密速率为目标，以卫星最大发送功率为约束条件的第一优化模型；将以最大化保密速率为目标的第一优化模型转化成以最大化保密速率下界为目标的第二优化模型；利用矩阵的泰勒展开得到保密速率下界的近似值，将最大化下界的第二优化模型转换为最大化保密速率下界近似值的第三优化模型；通过迭代凸优化算法求解第三优化模型，得到使保密速率下界近似值最大的预编码矩阵；本发明考虑了星地无线信道的衰落，在存在窃听者的情况下，仍能保证信息的安全传输。