本发明公开了一种基于导航信号辅助的OTFS卫星通信系统预编码方法，涉及卫星通信与导航一体化技术领域。该方法包括：卫星通信终端利用导航卫星信号测得自身的速度和位置信息，通过网管信道发送至卫星网络管理中心请求分配通信资源，网管中心根据终端和通信卫星的位置和速度，计算得到终端与通信卫星的多普勒频偏和通信时延，之后将多普勒频偏、通信延迟和其它通信资源下发至卫星终端，完成资源分配；在终端的速度或位置变化大于阈值后，重新进行上述资源分配过程。本发明充分利用导航系统的信息解决了OTFS卫星通信系统的多普勒频偏和时延的精准预编码问题。