本发明涉及自动化三维建模技术领域，具体涉及一种基于GIS系统的自动参数化三维管线建模方法和系统。该方法包括：获取原始物探数据，原始物探数据包括按管线类型分别保存的相应管线的点数据和线数据；对原始物探数据进行有效性和完整性检测，以得到有效性和完整性检测后的物探数据；遍历所有物探数据获得中心点，并将中心点创建为模型本地坐标系的原点；遍历物探数据中管线的点数据和线数据，以中心点为原点换算绘制所需的坐标并生成所需空间参考系下的三维管线模型。本发明以极少的人工操作自动生成所需空间参考系下三维管线模型，实现管线与管点、附属物、特征点的自动连接，贴合地面，形成近乎真实的地下管线三维可视化模型数据。