本发明公开了一种基于交叉点双参考源偏差的卫星数据质量监控方法，包括如下步骤：卫星平台的状态监测、仪器的状态监测、模拟参考源监测、观测参考源监测、双参考源双差监测和监测结果展示与分析。本发明通过联合模拟参考源和观测参考源，监测仪器发射入轨后随着卫星运行环境及运行时间变化所发生的相应变化，同时利用原有单独参考源及混合参考源的对比方法监测仪器观测数据质量，从而可以快速区分由数值预报模型带来的背景场问题和由卫星或仪器异常引起的问题，可以更方便地协助监测仪器L1数据质量的变化，进而快速定位影响观测数据质量的可能原因，为分析和订正仪器性能提供必要的基础信息。