本发明公开了一种多功能并网逆变器控制系统及控制方法，通过单位三相电压矢量生成模块生成单位三相电压矢量，通过一次调频计算模块生成的一次调频电压指令与逆变器直流侧电压参考值和滤波后逆变器直流侧实际电压作为电压外环控制模块输入量，通过电压外环控制模块生成控制注入功率的指令电流分量，与单位三相电压矢量相乘后生成三相电流指令，利用开关脉冲生成模块生成六路开关脉冲，实现并网逆变器的控制。本发明使新能源发电关键设备并网逆变器同时具备一次调频、有源滤波器、新能源发电功率注入电网的功能，避免或减少了新能源发电的硬件投入及设备总体积，使并网逆变器效益最大化，降低新能源发电成本，提高经济效益，促进新能源消纳。