本发明公开了基于单分子测序的发酵金鲳深度学习质量判别方法及系统，涉及发酵水产食品快速分析检测领域，通过制备不同品质等级的传统发酵金鲳粉末状样品；提取样品的宏基因组DNA，并检验片段完整度、纯度及浓度；通过获取发酵金鲳样品的物种丰度数据，并作为神经网络模型的训练样本数据，对神经网络模型进行训练，并使用训练好的神经网络模型，对不同传统发酵金鲳的品质等级进行判别；本发明解决了标准化程度低和产品品质不稳定等问题，利用单分子实时测序获得样品的微生物群落结构组成，并结合机器学习判断传统发酵金鲳的品质质量等级，具有准确性高的特点，有利于传统发酵金鲳的品质监测和工业化生产。